Der Borg-Würfel ist erheblich größer als ein Raumschiff der Föderation, besitzt ein gleichmäßiges Design und einen dezentralen Aufbau.  Es gibt weder eine Brücke noch ein Kommandozentrum, außerdem keinen speziellen Maschinenraum oder Quartiere für Erholungsbereiche. Das Innere des Borg-Würfels ist so funktional wie sein Äußeres. Lebenserhaltungssysteme sorgen für eine atembare Atmosphäre sowie für Schwerkraft, obwohl Borg-Drohnen auch im Vakuum des Alls existieren können.  Etage um Etage Laufstegen ähnlicher Konstruktionen füllen den Innenraum vom Boden bis zur Decke.  Diese endlos langen Korridore sind voll gepackt mit grauen Ausrüstungsregalen und Alkoven, in denen einzelne Borg-Drohnen sich regenerieren.  Dort warten sie auf ihre Anweisungen.  Denn jede einzelne Nische ist für einen speziellen Borg bestimmt, der durch ein in eine Armlehne integriertes Interface mit dem Rest des Schiffs in Verbindung steht. Durch die biologische und die technologische Einbindung in das Schiff ist es den einzelnen Borg möglich, gemeinsam einen riesigen ‚Schwarm' zu bilden, das so genannte Borg-Kollekiv.  Ein gesonderter Teil des Borg-Würfels beherbergt die Kinderstation.  Hier sind in horizontalen Fächern kindliche Borg in verschiedenen Phasen der Assimilierung untergebracht.

Tief im Inneren des Schiffs gibt es eine Einrichtung, in der auch gefangen genommene Lebensformen assimiliert werden. Zu dieser Einrichtung gehören eine Metalliege, auf der die Lebensform fixiert wird, sowie eine Reihe von Sonden und chirurgischen Instrumenten, mit deren Hilfe Borg-Maschinen implantiert werden, die die Original-DNS überschreiben. Das Innere des Schiffs ist nach menschlichem Standard nur schwach beleuchtet. Runde, gelbe Lichter sind in Paneele über den Gängen eingelassen und verbreiten ein mattes, monochromatisches Licht im gesamten Inneren. Trotz der maschinenhaften Art der Borg sind diverse Bestandteile des Borg-Würfels eindeutig organisch. Einige Formen sind kreisförmig, andere bilden große, gewölbte Säulen. Innerhalb des Würfels gibt es Energieleitungen, die es den Borg ermöglichen, im Kollektiv zu arbeiten, während sie eine Vielzahl von Funktionen auf dem Schiff erledigen.  Die dezentralisierte Energieversorgung des Borg-Schiffs macht es unmöglich, die Verteilerknoten so zu sabotieren, dass ein Borg-Angriff abgewendet werden kann.  Die Beschädigung oder Zerstörung eines solchen Verteilers kann jedoch ihren Angriff verzögern.

Durch das biologische und künstliche Interface kann das Borg-Kollektiv das denken, was es im Augenblick machen möchte, während das Schiff diese Aktionen sofort ausführt.  So können die Borg und der Würfel Reparaturen machen und Schäden am Schiff fast sofort regenerieren lassen.
Es scheint möglich, dass das Borg-Schiff so sehr Teil eines Kollektivs ist wie jeder einzelne Borg. Es enthält eine Ausrüstung, die notwendig ist, damit das Kollektiv funktioniert. Neuraltransponder im Würfel verbinden die Borg über ein anhaltendes neuroelektrisches Feld, das in der Lage ist beschädigt organische und anorganisch Körper zu regenerieren. Dieses neuroelektrische Feld ist notwendig, um das Kollektiv zu bewahren und gewährleistet, dass die Borg-Drohnen ihre Individualität nicht zurückerlangen.